長崎から岐阜までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
長崎駅から岐阜駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機+新幹線
例
長崎県営バス/長崎バス 長崎空港-長崎〔出島道路経由〕 長崎空港（バス）行
06:35　長崎駅前
07:19　長崎空港

全日空 ANA782便 大阪空港[伊丹]行
08:00　長崎空港
09:10　大阪空港[伊丹]

大阪空港交通 新大阪駅-伊丹空港 新大阪駅〔正面口〕行
09:20　大阪空港[伊丹]
09:45　新大阪駅〔正面口〕

ＪＲ東海道新幹線 のぞみ8号 東京行
10:06　新大阪駅〔正面口〕
10:55　名古屋駅

ＪＲ東海道本線 岐阜行
11:05　名古屋駅
11:31　岐阜駅

移動時間 4時間56分
運賃料金　39,280円

新幹線
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:56　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ12号 東京行
08:10　博多駅
11:30　名古屋駅

ＪＲ東海道本線新快速 大垣行
11:45　名古屋駅
12:06　岐阜駅

移動時間 6時間8分
運賃料金　20,290円

高速バス
例
西鉄バス [スーパーノンストップ]九州号 昭和町経由 博多駅行
07:35　長崎駅前
10:03　博多バスターミナル〔博多駅〕

JR高速バス 広福ライナー 広島駅〔南口〕行
10:20　博多バスターミナル〔博多駅〕
14:52　広島バスセンター

高速バス ローズライナー 福山駅前行
15:00　広島バスセンター
16:46　福山駅前

ＪＲ山陽本線快速〔サンライナー〕 岡山行
17:01　福山駅
17:50　岡山駅

ＪＲ山陽本線 姫路行
18:00　岡山駅
19:25　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 長浜行
19:26　姫路駅
21:58　米原駅

ＪＲ東海道本線快速 豊橋行
22:07　米原駅
22:53　岐阜駅

移動時間 15時間18分
運賃料金　15,550円

車
長崎駅から岐阜駅までのルートで計算
総距離 906.4km
所要時間 11時間40分
一般料金 18,400 円
ETC料金 13,050 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

906km 91ℓ　13,650円 長崎から岐阜までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=32,050円

まとめると
飛行機+新幹線　4時間56分　39,280円
新幹線　6時間8分　20,290円
高速バス　15時間18分　15,550円
車　11時間40分　32,050円