長崎から宮崎までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
長崎駅から宮崎駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

新幹線+高速バス
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:29　新鳥栖駅

ＪＲ九州新幹線 さくら451号 鹿児島中央行
08:13　新鳥栖駅
08:49　新八代駅

熊本-宮崎/Ｂ＆Ｓみやざき号[高速バス] 高速バス B＆Sみやざき号 宮崎駅行
08:57　新八代駅
11:05　宮崎駅

移動時間 5時間7分
運賃料金　12,730円

高速バス
例
福岡-長崎/九州号[高速バス] 九州急行バス [高速]九州号 福岡空港国際線・博多駅行
05:30　長崎駅
07:32　高速基山

西鉄バス [高速]フェニックス号 都城・宮崎駅行
08:05　高速基山
12:06　宮崎駅

移動時間 6時間38分
運賃料金　6,890円

特急電車+高速バス
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:58　博多駅

西鉄バス [高速]スーパーフェニックス号 都城・宮崎駅行
08:05　博多駅
12:27　宮崎駅

移動時間 6時間29分
運賃料金　8,820円

車高速あり
総距離 394.3km
所要時間 5時間2分
一般料金 8,480 円
ETC料金 6,030 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

394km 40ℓ　6,000円 長崎から宮崎までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=14,480円

まとめると
新幹線+高速バス　5時間7分　12,730円
高速バス　6時間38分　6,890円
特急電車+高速バス　6時間29分　8,820円
車高速あり　5時間2分　14,480円

長崎から宮崎までの移動で車ならやっぱりフェリーも検討したほうが労力的には楽になります。
地図で見てもわかるとおり、長崎道、九州道を当たり前に行くとかなり遠回りになります。
上記の車高速ありのコースは、下の地図のルートで計算しています。
フェリーを使えば金額はかかりますが、ショートカットできますよ。