長崎から愛媛までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
長崎駅から松山駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機ルート1
例
長崎県営バス/長崎バス 長崎空港-長崎〔出島道路経由〕 長崎空港（バス）行
06:35　長崎駅前
07:19　長崎空港

全日空 ANA782便 大阪空港[伊丹]行
08:00　長崎空港
09:10　大阪空港[伊丹]

全日空 ANA1637便 松山空港行
10:20　大阪空港[伊丹]
11:10　松山空港

伊予鉄バス 松山空港リムジンバス 松山市駅行
11:20　松山空港
11:35　ＪＲ松山駅

移動時間 5時間
運賃料金　49,260円

飛行機ルート2
例
08:46　長崎駅
10:53　博多駅

福岡市営空港線 福岡空港行
10:59　博多駅
11:05　福岡空港

日本航空 JAL3595便 松山空港行
11:45　福岡空港
12:30　松山空港

伊予鉄バス 松山空港リムジンバス 道後温泉駅行
12:50　松山空港
13:05　ＪＲ松山駅

移動時間 4時間19分
運賃料金　28,210円

新幹線+フェリー
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:56　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ12号 東京行
08:10　博多駅
09:16　広島駅

広島電鉄５号線 広島港(宇品)行
09:26　広島駅
09:59　広島港(宇品)

フェリー各社 松山-広島高速船＜瀬戸内海汽船・石崎汽船＞ 松山観光港〔航路〕行
10:30　広島宇品港
11:38　松山観光港

伊予鉄バス 松山観光港リムジンバス 道後温泉駅行
11:50　松山観光港
12:10　ＪＲ松山駅

移動時間 6時間14分
運賃料金　19,600円

新幹線+特急電車
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:56　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ12号 東京行
08:10　博多駅
09:52　岡山駅

ＪＲ瀬戸大橋線 特急しおかぜ7号 松山（愛媛県）行
10:35　岡山駅
13:15　松山駅

移動時間 7時間17分
運賃料金　18,710円

高速バス
例
西鉄バス [高速] スーパーノンストップ・昭和町経由・博多駅行
05:45　長崎駅前
08:10　博多バスターミナル〔博多駅〕

JR高速バス 広福ライナー 広島駅〔南口〕行
08:20　博多バスターミナル〔博多駅〕
12:52　広島バスセンター

高速バス ローズライナー 福山駅前行
13:00　広島バスセンター
14:18　福山本郷

高速バス キララエクスプレス 松山市駅行
14:58　福山本郷
17:24　ＪＲ松山駅

移動時間 11時間39分
運賃料金　12,470円

車高速あり
総距離 612.2km
所要時間 8時間37分
一般料金 15,830 円
ETC料金 9,680 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

612km 61ℓ　9,150円　長崎から愛媛までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=24,980円

まとめると
飛行機ルート1　5時間　49,260円
飛行機ルート2　4時間20分　28,210円
新幹線+フェリー　 6時間14分　19,600円
新幹線+特急電車　7時間17分　18,710円
高速バス　11時間39分　12,470円
車高速あり　8時間37分　24,980円

長崎から愛媛までは約612km
フェリールートだと距離が短くなります。
この区間は様々ルートがあります。
早く行きたい場合は、飛行機で福岡から松山のルートが早く安く行けそうです。
安く行きたい場合は、高速バス。