長崎から大阪までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
長崎駅から大阪駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機
例
長崎県営バス/長崎バス 長崎空港-長崎〔出島道路経由〕 長崎空港（バス）行
06:15　長崎駅前
06:59　長崎空港

スカイマーク SKY140便 神戸空港行
07:40　長崎空港
08:45　神戸空港

ポートアイランド線 三宮（ポートライナー）行
08:54　神戸空港
09:11　三宮駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 野洲行
09:22　三ノ宮駅
09:43　大阪駅

移動時間　3時間30分
運賃料金　17,640円

新幹線
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:58　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ12号 東京行
08:10　博多駅
10:38　新大阪駅

ＪＲ東海道山陽本線快速 加古川行
10:46　新大阪駅
10:50　大阪駅

移動時間　4時間52分
運賃料金　17,270円

高速バス
例
西鉄バス [高速] スーパーノンストップ・昭和町経由・博多駅行
05:45　長崎駅前
08:10　博多バスターミナル〔博多駅〕

JR高速バス 広福ライナー 広島駅〔南口〕行
08:20　博多バスターミナル〔博多駅〕
12:52　広島バスセンター

高速バス ローズライナー 福山駅前行
13:00　広島バスセンター
14:46　福山駅前

ＪＲ山陽本線 相生（兵庫県）行
15:11　福山駅
17:17　相生駅

ＪＲ山陽本線 姫路行
17:19　相生駅
17:38　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 草津（滋賀県）行
17:41　姫路駅
18:43　大阪駅

移動時間　13時間0分
運賃料金　13,070円

普通電車
例
ＪＲ長崎本線 肥前山口行
06:03　長崎駅
08:01　肥前山口駅

ＪＲ長崎本線 鳥栖行
08:11　肥前山口駅
08:57　鳥栖駅

ＪＲ鹿児島本線区間快速 小倉（福岡県）行
09:08　鳥栖駅
11:25　小倉駅

ＪＲ鹿児島本線 下関行
11:31　小倉駅
11:46　下関駅

ＪＲ山陽本線 岩国行
11:47　下関駅
15:11　岩国駅

ＪＲ山陽本線 白市行
15:20　岩国駅
17:02　白市駅

ＪＲ山陽本線 糸崎行
17:10　白市駅
17:42　糸崎駅　　

ＪＲ山陽本線 岡山行
17:45　糸崎駅
19:16　岡山駅
　
ＪＲ山陽本線 姫路行
19:17　岡山駅
20:40　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 野洲行
20:41　姫路駅
21:43　大阪駅

移動時間　15時間40分
運賃料金　11,120円

車高速あり
長崎駅から大阪駅までのルートで計算
総距離 750.9km
所要時間 9時間28分
一般料金 16,700 円
ETC料金 15,650 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

750km　75㍑　11,250円　長崎から大阪までのガソリン代

高速料金一般＋ガソリン代＝27,950円

車高速なし
総距離 732.5km
所要時間 24時間22分
ETC料金 150 円 (普通車)
一般料金 150 円

73㍑10,950円＋150円＝11,100円

まとめると
飛行機　3時間30分　17,640円
新幹線　4時間52分　17,270円
高速バス　13時間0分　13,070円
普通電車　15時間40分　11,120円
車高速あり　9時間28分　27,950円
車高速なし　24時間22分 11,100円

長崎から大阪までは、約750km
飛行機か新幹線で悩む距離感。
実体験としては、飛行機選択が多い。博多に用があるなら新幹線。飛行機も格安航空があるので、費用も新幹線より安く行けることもあります。時期や曜日などでかなり違います。時間に余裕があり、もっと安く移動を考えてるのであれば、高速バスや普通電車の乗り継ぎ。かなり時間も労力もかかりますが、安くは行けます。