山形から奈良までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
甲府駅から奈良駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

新幹線
例
ＪＲ中央本線 高尾（東京都）行
05:52　甲府駅
07:17　高尾駅

ＪＲ中央線特別快速 東京行
07:19　高尾駅
07:26　八王子駅

ＪＲ横浜線 茅ヶ崎行
07:32　八王子駅
07:44　橋本駅

ＪＲ横浜線 東神奈川行
07:45　橋本駅
08:19　新横浜駅

ＪＲ東海道新幹線 のぞみ15号 博多行
08:29　新横浜駅
10:22　京都駅

みやこ路快速 奈良行
10:33　京都駅
11:18　奈良駅

所要時間 5時間26分
運賃料金　14,370円

高速バス
例
高速バス 花バス 京都駅八条口
05:59　甲府駅北口
12:25　京都駅八条口

みやこ路快速 奈良行
13:03　京都駅
13:49　奈良駅

移動時間 7時間50分
運賃料金　5,710円

車
甲府駅から奈良駅のルートで計算
総距離 416.1km
所要時間 5時間25分
一般料金 9,930 円
ETC料金 7,090 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

416km 42ℓ　6,300円 山形から奈良までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=16,230円

まとめると
新幹線　5時間26分　14,370円
高速バス　7時間50　5,710円
車　5時間25分　16,230円

山形から奈良までは、約400km
新幹線が時間と料金ともに安定しており、早く行きたいかたは、新幹線がおすすめ。
移動費用をできるだけ安く行きたいかたは、高速バスを検討。
繁忙期、閑散期、曜日など複数の要因で金額が変わりますので、いろいろ調べて安く行けるコースを探しましょう。
上記の例のように片道6000円以下でいける時期もあり。
名古屋経由だったりコースもいろいろありますよ。

車の場合は、高速を利用して約5時間半。休憩を含めてないので、余裕のある計画を立てましょう。