熊本から岐阜までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
熊本駅から岐阜駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機+新幹線
例
ＪＲ九州新幹線 さくら540号 新大阪行
06:01　熊本駅
06:50　博多駅

福岡市営空港線 福岡空港行
07:02　博多駅
07:08　福岡空港

フジドリームエアラインズ FDA300便 名古屋空港[小牧]行
07:45　福岡空港
09:05　名古屋空港[小牧]

あおい交通 名古屋空港直行バス 名古屋駅前〔ミッドランド〕行
09:20　県営名古屋空港
09:40　名古屋栄駅

名古屋市営東山線 高畑行
09:45　栄駅
09:50　名古屋駅

ＪＲ東海道本線新快速 大垣行
10:00　名古屋駅
10:19　岐阜駅

移動時間 4時間18分
運賃料金　32,640円

新幹線
例
ＪＲ九州新幹線 さくら540号 新大阪行
06:01　熊本駅
06:50　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ6号 東京行
07:10　博多駅
10:30　名古屋駅

ＪＲ東海道本線特別快速 大垣行
10:45　名古屋駅
11:04　岐阜駅

移動時間 5時間3分
運賃料金　21,360円

高速バス
例
西鉄バス ひのくに号 スーパーノンストップ 福岡・天神行
05:59　熊本駅前
08:11　博多バスターミナル〔博多駅〕

JR高速バス 広福ライナー 広島駅〔南口〕行
08:20　博多バスターミナル〔博多駅〕
12:52　広島バスセンター

高速バス ローズライナー 福山駅前
13:00　広島バスセンター
14:46　福山駅前

ＪＲ山陽本線 相生（兵庫県）行
15:11　福山駅
17:17　相生駅

ＪＲ山陽本線 姫路行
17:19　相生駅
17:38　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 米原行
17:56　姫路駅
20:26　米原駅

ＪＲ東海道本線新快速 豊橋行
20:35　米原駅
21:20　岐阜駅

移動時間 15時間21分
運賃料金　15,260円

車
熊本駅から岐阜駅までのルートで計算
総距離 867.6km
所要時間 11時間23分
一般料金 17,500 円
ETC料金 12,370 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

867km 87ℓ　13,050円 熊本から岐阜までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=30,550円

まとめると
飛行機+新幹線　4時間18分　32,640円
新幹線　5時間3分　21,360円
高速バス　15時間21分　15,260円
車　　11時間23分　30,550円

熊本から岐阜までは、約860km
飛行機と新幹線の組み合わせと新幹線のみだと1時間弱の時間の違い。コスト面からいくと、新幹線のみがお得感がある。
時間と労力はかかるが、高速バスの乗り継ぎだと閑散期等安い。