秋田から水戸までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
秋田駅から水戸駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

新幹線
例
ＪＲ奥羽本線 こまち6号 東京行
06:08　秋田駅
09:47　東京駅

ＪＲ宇都宮線〔東北本線〕・ＪＲ上野東京ライン 特急ひたち7号 いわき行
09:53　東京駅
11:05　水戸駅

移動時間 4時間57分
運賃料金　20,320円

飛行機
例
秋田中央交通 秋田空港リムジンバス 秋田空港（バス）行
06:05　秋田駅
06:45　秋田空港

全日空 ANA402便 羽田空港（空路）行
07:30　秋田空港
08:35　羽田空港

京急空港線エアポート急行 印旛日本医大行
08:53　羽田空港国内線ターミナル
09:16　品川駅

ＪＲ東海道本線 特急ひたち7号 いわき行
09:45　品川駅
11:05　水戸駅

移動時間 5時間4分　
運賃料金　32,760円

高速バス
例
ＪＲ奥羽本線 湯沢行
06:17　秋田駅
07:27　横手駅

宮城-秋田/グリーンライナー[高速バス] 高速バス グリーンライナー号 仙台駅東口行
07:36　横手バスターミナル
10:25　仙台駅東口

JR高速バス 仙台-いわき 上荒川（福島県）行
10:30　仙台駅東口
13:24　いわき駅

ＪＲ常磐線 水戸行
13:48　いわき駅
15:17　水戸駅

移動時間 9時間0分
運賃料金　9,580円

普通電車
例
ＪＲ奥羽本線 湯沢行
06:17　秋田駅
07:27　横手駅

ＪＲ北上線 北上行
07:41　横手駅
09:05　北上駅

ＪＲ東北本線 一ノ関行
09:54　北上駅
10:32　一ノ関駅

ＪＲ東北本線 小牛田行
10:39　一ノ関駅
11:27　小牛田駅

ＪＲ東北本線 仙台行
11:40　小牛田駅
12:27　仙台駅

ＪＲ東北本線 快速仙台シティラビット4号 福島（福島県）行
12:30　仙台駅
13:48　福島駅

ＪＲ東北本線 郡山（福島県）行
14:18　福島駅
15:07　郡山駅

ＪＲ磐越東線 いわき行
15:12　郡山駅
16:42　いわき駅

ＪＲ常磐線 水戸行
16:54　いわき駅
18:32　水戸駅

移動時間 12時間15分
運賃料金　9,290円

車高速あり
秋田駅から水戸駅までのルートで計算
総距離 491.4km
所要時間 6時間30分
一般料金 10,400 円
ETC料金 7,280 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

491km 49ℓ　7,350円　秋田から水戸までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=17,750円

車高速なし
総距離 471.0km
所要時間 15時間43分

471km 47ℓ　7,050円

まとめると
新幹線　4時間57分　20,320円
飛行機　 5時間4分　32,760円
高速バス　9時間0分　9,580円
普通電車　12時間15分　9,290円
車高速あり　6時間30分　17,750円
車高速なし　15時間43分 7,050円

秋田から水戸までは約490km
新幹線か飛行機の比較は、時間は変わらない。
移動コストを考えると新幹線にメリットがある
時間と労力がかかっても移動費を抑えたい方は、高速バスか普通電車の乗り継ぎ
この区間は、高速バスの閑散期などは普通電車より安くて、早く移動できることもありますよ。