長崎から京都までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
長崎駅から京都駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機
例
長崎県営バス/長崎バス 長崎空港-長崎〔出島道路経由〕 長崎空港（バス）行
06:35　長崎駅前
07:19　長崎空港

全日空 ANA782便 大阪空港[伊丹]行
08:00　長崎空港
09:10　大阪空港　伊丹

大阪空港交通 新大阪駅-伊丹空港 新大阪駅〔正面口〕行
09:20　大阪空港　伊丹
09:45　新大阪駅

ＪＲ東海道新幹線 のぞみ8号 東京行
10:06　新大阪駅
10:20　京都駅

移動時間 3時間45分
運賃料金　31,720円

新幹線
例
ＪＲ長崎本線 特急かもめ2号 博多行
05:58　長崎駅
07:56　博多駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ12号 東京行
08:10　博多駅
10:54　京都駅

移動時間 4時間56分
運賃料金　18,010円

高速バス
例
福岡-長崎/九州号[高速バス] 九州急行バス [高速]九州号 福岡空港国際線・博多駅行
06:00　長崎駅前
08:54　博多バスターミナル〔博多駅〕

JR高速バス 広福ライナー 広島駅〔南口〕行
09:10　博多バスターミナル〔博多駅〕
13:54　広島駅

ＪＲ山陽本線 糸崎行
14:06　広島駅
15:24　糸崎駅

ＪＲ山陽本線 姫路行
15:36　糸崎駅
18:44　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 長浜行
18:56　姫路駅
20:29　京都駅

移動時間 14時間31分
運賃料金　13,200円

普通電車
例
ＪＲ長崎本線 肥前山口行
06:03　長崎駅
08:01　肥前山口駅

ＪＲ長崎本線 博多行
08:07　肥前山口駅
08:53　鳥栖駅

ＪＲ鹿児島本線快速 小倉（福岡県）行
09:14　鳥栖駅
10:59　小倉駅

ＪＲ鹿児島本線 下関行
11:08　小倉駅
11:22　下関駅

ＪＲ山陽本線 岩国行
11:47　下関駅
15:11　岩国駅

ＪＲ山陽本線 白市行
15:20　岩国駅
16:12　広島駅

ＪＲ山陽本線 糸崎行
16:23　広島駅
17:42　糸崎駅

ＪＲ山陽本線 岡山行
17:45　糸崎駅
19:16　岡山駅

ＪＲ山陽本線 姫路行
19:17　岡山駅
20:40　姫路駅

ＪＲ東海道山陽本線新快速 米原行
20:54　姫路駅
22:29　京都駅

所要時間 16時間26分
運賃料金　11,440円

車高速あり
長崎駅から京都駅までのルートで計算
総距離 777.0km
所要時間 9時間51分
一般料金 16,200 円
ETC料金 11,370 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

777km 78ℓ　11,700円 長崎から京都までのガソリン代

高速料金一般+ガソリン代=27,900円

車高速なし
総距離 770.9km
所要時間 25時間39分
ETC料金 150 円 (普通車)
一般料金 150 円

まとめると
飛行機　3時間45分　31,720円
新幹線　4時間56分　18,010円
高速バス 14時間31分　13,200円
普通電車　16時間26分　11,440円　
車高速あり　9時間51分 27,900円
車高速なし　25時間39分 11,850円

長崎から京都までは約780km
飛行機で約4時間かからないぐらい。時間がかかってもいいなら普通電車の乗り継ぎで早朝出発して夜着く程度ならその日中には移動は可能。
車なら高速使っても10時間程度。ただ休憩を含んでいないので半日以上は確実に計画しないとキツイです。