神戸から熊本までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました
神戸駅から熊本駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

新幹線
例
神戸市営西神・山手線 谷上行
06:47　三宮駅
06:50　新神戸駅

ＪＲ山陽新幹線 さくら543号 鹿児島中央行
07:03　新神戸駅
10:07　熊本駅

移動時間　3時間20分
運賃料金　17,900円

普通電車＋高速バス
例
神戸高速線 山陽姫路行
06:47　神戸三宮駅
06:51　高速神戸駅

神戸高速線 山陽姫路行
06:52　高速神戸駅
07:51　山陽姫路駅

ＪＲ山陽本線 岡山行
08:01　姫路駅
09:29　岡山駅

JR高速バス サンサンライナー 広島バスセンター行
09:50　岡山駅
12:18　新白島駅

ＪＲ山陽本線 岩国行
12:34　新白島駅
13:23　岩国駅

ＪＲ山陽本線 下関行
13:32　岩国駅
16:49　下関駅

ＪＲ山陽本線 小倉（福岡県）行
17:03　下関駅
17:19　小倉駅

ＪＲ鹿児島本線 特急ソニック44号 博多行
17:39　小倉駅
18:30　博多駅

西鉄バス ひのくに号 スーパーノンストップ 熊本駅前（バス）行
18:40　博多駅
20:42　熊本駅前

運賃料金　13,250円
移動時間 13時間55分

普通電車
例
神戸高速線 山陽姫路行
06:47　神戸三宮駅
06:51　高速神戸駅

神戸高速線 山陽姫路行
06:52　高速神戸駅
07:51　山陽姫路駅

ＪＲ山陽本線 岡山行
08:01　姫路駅
09:29　岡山駅

ＪＲ山陽本線 三原行
09:31　岡山駅
11:09　三原駅

ＪＲ山陽本線 岩国行
11:27　三原駅
13:36　岩国駅

ＪＲ山陽本線 新山口行
14:12　岩国駅
16:09　新山口駅

ＪＲ山陽本線 下関行
16:13　新山口駅
17:19　下関駅

ＪＲ山陽本線 小倉（福岡県）行
17:23　下関駅
17:38　小倉駅

ＪＲ鹿児島本線区間快速 大牟田行
17:43　小倉駅
20:20　大牟田駅

ＪＲ鹿児島本線 八代行
20:38　大牟田駅
21:28　熊本駅

移動時間　14時間41分
運賃料金　11,110円

高速バス夜行
例
高速バス サンライズ号 西部車庫行
23:10　三宮バスターミナル
07:44　武蔵ヶ丘

ＪＲ豊肥本線 銀水行
07:59　武蔵塚駅
08:21　熊本駅

移動時間　9時間11分
運賃料金　11,780円

車
総距離 692.1km
所要時間 8時間55分
一般料金 15,770 円
ETC料金 10,180 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

692km 69ℓ　10,350円　神戸から熊本までのガソリン代

高速料金一般＋ガソリン代＝26,120円

まとめると
新幹線　3時間20分　17,900円
普通電車＋高速バス　13時間55分　13,250円
普通電車　14時間41分　11,110円　
高速バス夜行　9時間11分　11,780円
車　8時間55分　26,120円

神戸から熊本までは約700kmと長時間移動になります。新幹線を使って約3時間半。このルートでは労力・料金含めてお得なコースが夜行バス。乗り換えも少なく、夜寝て起きたら熊本というパターン。
車の場合は高速使って約9時間。ただ十分に休憩がとれるように余裕のある計画を立てましょう。