大阪から長崎までの交通手段について、料金、時間、労力の観点から考えてみました。
大阪駅から長崎駅までの移動手段について、様々な行き方を調べました。

飛行機
例
阪急宝塚線急行 宝塚行
08:08　梅田駅
08:24　蛍池駅

大阪モノレール 大阪空港[伊丹]行
08:32　蛍池駅
08:35　大阪空港伊丹

日本航空 JAL2373便 長崎空港行
09:10　大阪空港伊丹
10:30　長崎空港

長崎県営バス/長崎バス 長崎空港-長崎〔出島道路経由〕 ココウォーク茂里町行
10:45　長崎空港
11:28　長崎駅前

移動時間　3時間30分
運賃料金　32,720円

新幹線
例
ＪＲ東海道山陽本線快速 米原行
06:54　大阪駅
06:58　新大阪駅

ＪＲ山陽新幹線 のぞみ95号 博多行
07:12　新大阪駅
09:40　博多駅

ＪＲ鹿児島本線 特急かもめ13号 長崎（長崎県）行
09:55　博多駅
11:50　長崎駅

移動時間　4時間56分
運賃料金　17,270円

普通電車＋高速バス小倉から
例
ＪＲ東海道山陽本線新快速 姫路行
06:51　大阪駅
07:56　姫路駅

ＪＲ山陽本線 岡山行
08:01　姫路駅
09:29　岡山駅

ＪＲ山陽本線 三原行
09:31　岡山駅
10:58　糸崎駅

ＪＲ山陽本線 岩国行
11:53　糸崎駅
14:23　岩国駅

ＪＲ山陽本線 新山口行
14:40　岩国駅
16:33　新山口駅

ＪＲ山陽本線 下関行
16:47　新山口駅
18:01　下関駅

ＪＲ山陽本線 小倉（福岡県）行
18:05　下関駅
18:18　小倉駅

福岡-長崎/出島号[高速バス] 長崎県営バス [高速]出島号 長崎駅前（バス）行
18:30　小倉駅
21:38　長崎駅前

移動時間　14時間47分
運賃料金　12,390円

車
総距離 750.6km
所要時間 9時間28分
一般料金 16,280 円
ETC料金 15,630 円 (普通車)

車の場合はガソリン代がかかります。
1ℓ=10キロ計算　1ℓ=150円計算

750km 75ℓ　11,250円 　大阪から長崎までのガソリン代

高速料金一般＋ガソリン代＝27,530円

まとめると
飛行機　3時間30分　32,720円
新幹線　4時間56分　17,270円
普通電車＋高速バス小倉から　14時間47分　12,390円
車　9時間28分　11,250円

大阪から長崎までの移動は、最速はやはり飛行機での移動。新幹線でも約5時間ほどかかります。時間と労力はかかるが、安く行きたい場合は、普通電車と高速バスの利用。
高速バスの乗り継ぎコースもあるが、労力もかかり、時間もかなりかかり、普通電車との組み合わせのほうがメリットはあります。
小倉から長崎まで高速バスのコース。自家用車での移動は約10時間ぐらい高速を運転する必要があるので、休憩が十分にとれるように余裕のある計画を立てましょう。